ClickHouse/dbms/include/DB/AggregateFunctions/AggregateFunctionQuantileTDigest.h

654 lines
20 KiB
C++
Raw Normal View History

#pragma once
#include <cmath>
#include <cstdint>
#include <cassert>
#include <vector>
#include <algorithm>
#include <DB/Common/RadixSort.h>
#include <DB/Common/PODArray.h>
#include <DB/Columns/ColumnArray.h>
#include <DB/AggregateFunctions/IUnaryAggregateFunction.h>
#include <DB/AggregateFunctions/IBinaryAggregateFunction.h>
#include <DB/AggregateFunctions/QuantilesCommon.h>
#include <DB/DataTypes/DataTypesNumberFixed.h>
#include <DB/DataTypes/DataTypeArray.h>
2016-01-12 02:22:40 +00:00
namespace DB
{
namespace ErrorCodes
{
extern const int TOO_LARGE_ARRAY_SIZE;
}
}
/** Алгоритм реализовал Алексей Борзенков https://███████████.yandex-team.ru/snaury
* Ему принадлежит авторство кода и половины комментариев в данном namespace,
* за исключением слияния, сериализации и сортировки, а также выбора типов и других изменений.
* Мы благодарим Алексея Борзенкова за написание изначального кода.
*/
namespace tdigest
{
/**
* Центроид хранит вес точек вокруг их среднего значения
*/
template <typename Value, typename Count>
struct Centroid
{
Value mean;
Count count;
Centroid() = default;
explicit Centroid(Value mean, Count count = 1)
: mean(mean)
, count(count)
{}
Centroid & operator+=(const Centroid & other)
{
count += other.count;
mean += other.count * (other.mean - mean) / count;
return *this;
}
bool operator<(const Centroid & other) const
{
return mean < other.mean;
}
};
/** :param epsilon: значение \delta из статьи - погрешность в районе
* квантиля 0.5 (по-умолчанию 0.01, т.е. 1%)
* :param max_unmerged: при накоплении кол-ва новых точек сверх этого
* значения запускается компрессия центроидов
* (по-умолчанию 2048, чем выше значение - тем
* больше требуется памяти, но повышается
* амортизация времени выполнения)
*/
template <typename Value>
struct Params
{
Value epsilon = 0.01;
size_t max_unmerged = 2048;
};
/** Реализация алгоритма t-digest (https://github.com/tdunning/t-digest).
* Этот вариант очень похож на MergingDigest на java, однако решение об
* объединении принимается на основе оригинального условия из статьи
* (через ограничение на размер, используя апроксимацию квантиля каждого
* центроида, а не расстояние на кривой положения их границ). MergingDigest
* на java даёт значительно меньше центроидов, чем данный вариант, что
* негативно влияет на точность при том же факторе компрессии, но даёт
* гарантии размера. Сам автор на предложение об этом варианте сказал, что
* размер дайжеста растёт как O(log(n)), в то время как вариант на java
* не зависит от предполагаемого кол-ва точек. Кроме того вариант на java
* использует asin, чем немного замедляет алгоритм.
*/
template <typename Value, typename CentroidCount, typename TotalCount>
class MergingDigest
{
using Params = tdigest::Params<Value>;
using Centroid = tdigest::Centroid<Value, CentroidCount>;
/// Сразу будет выделена память на несколько элементов так, чтобы состояние занимало 64 байта.
2015-11-24 03:21:37 +00:00
static constexpr size_t bytes_in_arena = 64 - sizeof(DB::PODArray<Centroid>) - sizeof(TotalCount) - sizeof(uint32_t);
using Summary = DB::PODArray<Centroid, bytes_in_arena / sizeof(Centroid), AllocatorWithStackMemory<Allocator<false>, bytes_in_arena>>;
Summary summary;
TotalCount count = 0;
uint32_t unmerged = 0;
/** Линейная интерполяция в точке x на прямой (x1, y1)..(x2, y2)
*/
static Value interpolate(Value x, Value x1, Value y1, Value x2, Value y2)
{
double k = (x - x1) / (x2 - x1);
return y1 + k * (y2 - y1);
}
struct RadixSortTraits
{
using Element = Centroid;
using Key = Value;
using CountType = uint32_t;
using KeyBits = uint32_t;
2015-11-24 03:21:37 +00:00
static constexpr size_t PART_SIZE_BITS = 8;
using Transform = RadixSortFloatTransform<KeyBits>;
using Allocator = RadixSortMallocAllocator;
/// Функция получения ключа из элемента массива.
static Key & extractKey(Element & elem) { return elem.mean; }
};
public:
/** Добавляет к дайджесту изменение x с весом cnt (по-умолчанию 1)
*/
void add(const Params & params, Value x, CentroidCount cnt = 1)
{
add(params, Centroid(x, cnt));
}
/** Добавляет к дайджесту центроид c
*/
void add(const Params & params, const Centroid & c)
{
summary.push_back(c);
count += c.count;
++unmerged;
if (unmerged >= params.max_unmerged)
compress(params);
}
/** Выполняет компрессию накопленных центроидов
* При объединении сохраняется инвариант на максимальный размер каждого
* центроида, не превышающий 4 q (1 - q) \delta N.
*/
void compress(const Params & params)
{
if (unmerged > 0)
{
2015-11-24 01:21:28 +00:00
RadixSort<RadixSortTraits>::execute(&summary[0], summary.size());
if (summary.size() > 3)
{
/// Пара подряд идущих столбиков гистограммы.
auto l = summary.begin();
auto r = std::next(l);
TotalCount sum = 0;
while (r != summary.end())
{
// we use quantile which gives us the smallest error
/// Отношение части гистограммы до l, включая половинку l ко всей гистограмме. То есть, какого уровня квантиль в позиции l.
Value ql = (sum + l->count * 0.5) / count;
Value err = ql * (1 - ql);
/// Отношение части гистограммы до l, включая l и половинку r ко всей гистограмме. То есть, какого уровня квантиль в позиции r.
Value qr = (sum + l->count + r->count * 0.5) / count;
Value err2 = qr * (1 - qr);
if (err > err2)
err = err2;
Value k = 4 * count * err * params.epsilon;
/** Отношение веса склеенной пары столбиков ко всем значениям не больше,
* чем epsilon умножить на некий квадратичный коэффициент, который в медиане равен 1 (4 * 1/2 * 1/2),
* а по краям убывает и примерно равен расстоянию до края * 4.
*/
if (l->count + r->count <= k)
{
// it is possible to merge left and right
/// Левый столбик "съедает" правый.
*l += *r;
}
else
{
// not enough capacity, check the next pair
sum += l->count;
++l;
/// Пропускаем все "съеденные" ранее значения.
if (l != r)
*l = *r;
}
++r;
}
/// По окончании цикла, все значения правее l были "съедены".
summary.resize(l - summary.begin() + 1);
}
unmerged = 0;
}
}
/** Вычисляет квантиль q [0, 1] на основе дайджеста
* Для пустого дайджеста возвращает NaN.
*/
Value getQuantile(const Params & params, Value q)
{
if (summary.empty())
return NAN;
compress(params);
if (summary.size() == 1)
return summary.front().mean;
Value x = q * count;
TotalCount sum = 0;
Value prev_mean = summary.front().mean;
Value prev_x = 0;
for (const auto & c : summary)
{
Value current_x = sum + c.count * 0.5;
if (current_x >= x)
return interpolate(x, prev_x, prev_mean, current_x, c.mean);
sum += c.count;
prev_mean = c.mean;
prev_x = current_x;
}
return summary.back().mean;
}
/** Получить несколько квантилей (size штук).
* levels - массив уровней нужных квантилей. Они идут в произвольном порядке.
* levels_permutation - массив-перестановка уровней. На i-ой позиции будет лежать индекс i-го по возрастанию уровня в массиве levels.
* result - массив, куда сложить результаты, в порядке levels,
*/
template <typename ResultType>
void getManyQuantiles(const Params & params, const Value * levels, const size_t * levels_permutation, size_t size, ResultType * result)
{
if (summary.empty())
{
for (size_t result_num = 0; result_num < size; ++result_num)
result[result_num] = std::is_floating_point<ResultType>::value ? NAN : 0;
return;
}
compress(params);
if (summary.size() == 1)
{
for (size_t result_num = 0; result_num < size; ++result_num)
result[result_num] = summary.front().mean;
return;
}
Value x = levels[levels_permutation[0]] * count;
TotalCount sum = 0;
Value prev_mean = summary.front().mean;
Value prev_x = 0;
size_t result_num = 0;
for (const auto & c : summary)
{
Value current_x = sum + c.count * 0.5;
while (current_x >= x)
{
result[levels_permutation[result_num]] = interpolate(x, prev_x, prev_mean, current_x, c.mean);
++result_num;
if (result_num >= size)
return;
x = levels[levels_permutation[result_num]] * count;
}
sum += c.count;
prev_mean = c.mean;
prev_x = current_x;
}
auto rest_of_results = summary.back().mean;
for (; result_num < size; ++result_num)
2015-11-24 03:21:37 +00:00
result[levels_permutation[result_num]] = rest_of_results;
}
/** Объединить с другим состоянием.
*/
void merge(const Params & params, const MergingDigest & other)
{
for (const auto & c : other.summary)
add(params, c);
}
/** Записать в поток.
*/
void write(const Params & params, DB::WriteBuffer & buf)
{
compress(params);
DB::writeVarUInt(summary.size(), buf);
buf.write(reinterpret_cast<const char *>(&summary[0]), summary.size() * sizeof(summary[0]));
}
2016-03-12 04:01:03 +00:00
/** Прочитать из потока.
*/
2016-03-12 04:01:03 +00:00
void read(const Params & params, DB::ReadBuffer & buf)
{
size_t size = 0;
DB::readVarUInt(size, buf);
if (size > params.max_unmerged)
throw DB::Exception("Too large t-digest summary size", DB::ErrorCodes::TOO_LARGE_ARRAY_SIZE);
2016-03-12 04:01:03 +00:00
summary.resize(size);
buf.read(reinterpret_cast<char *>(&summary[0]), size * sizeof(summary[0]));
}
};
}
namespace DB
{
struct AggregateFunctionQuantileTDigestData
{
tdigest::MergingDigest<Float32, Float32, Float32> digest;
};
template <typename T, bool returns_float = true>
class AggregateFunctionQuantileTDigest final
: public IUnaryAggregateFunction<AggregateFunctionQuantileTDigestData, AggregateFunctionQuantileTDigest<T>>
{
private:
Float32 level;
tdigest::Params<Float32> params;
DataTypePtr type;
public:
AggregateFunctionQuantileTDigest(double level_ = 0.5) : level(level_) {}
String getName() const override { return "quantileTDigest"; }
DataTypePtr getReturnType() const override
{
return type;
}
void setArgument(const DataTypePtr & argument)
{
if (returns_float)
type = std::make_shared<DataTypeFloat32>();
else
type = argument;
}
void setParameters(const Array & params) override
{
if (params.size() != 1)
throw Exception("Aggregate function " + getName() + " requires exactly one parameter.", ErrorCodes::NUMBER_OF_ARGUMENTS_DOESNT_MATCH);
level = apply_visitor(FieldVisitorConvertToNumber<Float32>(), params[0]);
}
void addImpl(AggregateDataPtr place, const IColumn & column, size_t row_num, Arena *) const
{
this->data(place).digest.add(params, static_cast<const ColumnVector<T> &>(column).getData()[row_num]);
}
void merge(AggregateDataPtr place, ConstAggregateDataPtr rhs, Arena * arena) const override
{
this->data(place).digest.merge(params, this->data(rhs).digest);
}
void serialize(ConstAggregateDataPtr place, WriteBuffer & buf) const override
{
this->data(const_cast<AggregateDataPtr>(place)).digest.write(params, buf);
}
2016-09-22 23:26:08 +00:00
void deserialize(AggregateDataPtr place, ReadBuffer & buf, Arena *) const override
{
2016-03-12 04:01:03 +00:00
this->data(place).digest.read(params, buf);
}
void insertResultInto(ConstAggregateDataPtr place, IColumn & to) const override
{
auto quantile = this->data(const_cast<AggregateDataPtr>(place)).digest.getQuantile(params, level);
if (returns_float)
static_cast<ColumnFloat32 &>(to).getData().push_back(quantile);
else
static_cast<ColumnVector<T> &>(to).getData().push_back(quantile);
}
};
template <typename T, typename Weight, bool returns_float = true>
class AggregateFunctionQuantileTDigestWeighted final
: public IBinaryAggregateFunction<AggregateFunctionQuantileTDigestData, AggregateFunctionQuantileTDigestWeighted<T, Weight, returns_float>>
{
private:
Float32 level;
tdigest::Params<Float32> params;
DataTypePtr type;
public:
AggregateFunctionQuantileTDigestWeighted(double level_ = 0.5) : level(level_) {}
String getName() const override { return "quantileTDigestWeighted"; }
DataTypePtr getReturnType() const override
{
return type;
}
void setArgumentsImpl(const DataTypes & arguments)
{
if (returns_float)
type = std::make_shared<DataTypeFloat32>();
else
type = arguments.at(0);
}
void setParameters(const Array & params) override
{
if (params.size() != 1)
throw Exception("Aggregate function " + getName() + " requires exactly one parameter.", ErrorCodes::NUMBER_OF_ARGUMENTS_DOESNT_MATCH);
level = apply_visitor(FieldVisitorConvertToNumber<Float32>(), params[0]);
}
void addImpl(AggregateDataPtr place, const IColumn & column_value, const IColumn & column_weight, size_t row_num, Arena *) const
{
this->data(place).digest.add(params,
static_cast<const ColumnVector<T> &>(column_value).getData()[row_num],
static_cast<const ColumnVector<Weight> &>(column_weight).getData()[row_num]);
}
void merge(AggregateDataPtr place, ConstAggregateDataPtr rhs, Arena * arena) const override
{
this->data(place).digest.merge(params, this->data(rhs).digest);
}
void serialize(ConstAggregateDataPtr place, WriteBuffer & buf) const override
{
this->data(const_cast<AggregateDataPtr>(place)).digest.write(params, buf);
}
2016-09-22 23:26:08 +00:00
void deserialize(AggregateDataPtr place, ReadBuffer & buf, Arena *) const override
{
2016-03-12 04:01:03 +00:00
this->data(place).digest.read(params, buf);
}
void insertResultInto(ConstAggregateDataPtr place, IColumn & to) const override
{
auto quantile = this->data(const_cast<AggregateDataPtr>(place)).digest.getQuantile(params, level);
if (returns_float)
static_cast<ColumnFloat32 &>(to).getData().push_back(quantile);
else
static_cast<ColumnVector<T> &>(to).getData().push_back(quantile);
}
};
template <typename T, bool returns_float = true>
class AggregateFunctionQuantilesTDigest final
: public IUnaryAggregateFunction<AggregateFunctionQuantileTDigestData, AggregateFunctionQuantilesTDigest<T>>
{
private:
QuantileLevels<Float32> levels;
tdigest::Params<Float32> params;
DataTypePtr type;
public:
String getName() const override { return "quantilesTDigest"; }
DataTypePtr getReturnType() const override
{
return std::make_shared<DataTypeArray>(type);
}
void setArgument(const DataTypePtr & argument)
{
if (returns_float)
type = std::make_shared<DataTypeFloat32>();
else
type = argument;
}
void setParameters(const Array & params) override
{
levels.set(params);
}
void addImpl(AggregateDataPtr place, const IColumn & column, size_t row_num, Arena *) const
{
this->data(place).digest.add(params, static_cast<const ColumnVector<T> &>(column).getData()[row_num]);
}
void merge(AggregateDataPtr place, ConstAggregateDataPtr rhs, Arena * arena) const override
{
this->data(place).digest.merge(params, this->data(rhs).digest);
}
void serialize(ConstAggregateDataPtr place, WriteBuffer & buf) const override
{
this->data(const_cast<AggregateDataPtr>(place)).digest.write(params, buf);
}
2016-09-22 23:26:08 +00:00
void deserialize(AggregateDataPtr place, ReadBuffer & buf, Arena *) const override
{
2016-03-12 04:01:03 +00:00
this->data(place).digest.read(params, buf);
}
void insertResultInto(ConstAggregateDataPtr place, IColumn & to) const override
{
ColumnArray & arr_to = static_cast<ColumnArray &>(to);
ColumnArray::Offsets_t & offsets_to = arr_to.getOffsets();
size_t size = levels.size();
offsets_to.push_back((offsets_to.size() == 0 ? 0 : offsets_to.back()) + size);
if (!size)
return;
if (returns_float)
{
typename ColumnFloat32::Container_t & data_to = static_cast<ColumnFloat32 &>(arr_to.getData()).getData();
size_t old_size = data_to.size();
data_to.resize(data_to.size() + size);
this->data(const_cast<AggregateDataPtr>(place)).digest.getManyQuantiles(
params, &levels.levels[0], &levels.permutation[0], size, &data_to[old_size]);
}
else
{
typename ColumnVector<T>::Container_t & data_to = static_cast<ColumnVector<T> &>(arr_to.getData()).getData();
size_t old_size = data_to.size();
data_to.resize(data_to.size() + size);
this->data(const_cast<AggregateDataPtr>(place)).digest.getManyQuantiles(
params, &levels.levels[0], &levels.permutation[0], size, &data_to[old_size]);
}
}
};
template <typename T, typename Weight, bool returns_float = true>
class AggregateFunctionQuantilesTDigestWeighted final
: public IBinaryAggregateFunction<AggregateFunctionQuantileTDigestData, AggregateFunctionQuantilesTDigestWeighted<T, Weight, returns_float>>
{
private:
QuantileLevels<Float32> levels;
tdigest::Params<Float32> params;
DataTypePtr type;
public:
String getName() const override { return "quantilesTDigest"; }
DataTypePtr getReturnType() const override
{
return std::make_shared<DataTypeArray>(type);
}
void setArgumentsImpl(const DataTypes & arguments)
{
if (returns_float)
type = std::make_shared<DataTypeFloat32>();
else
type = arguments.at(0);
}
void setParameters(const Array & params) override
{
levels.set(params);
}
void addImpl(AggregateDataPtr place, const IColumn & column_value, const IColumn & column_weight, size_t row_num, Arena *) const
{
this->data(place).digest.add(params,
static_cast<const ColumnVector<T> &>(column_value).getData()[row_num],
static_cast<const ColumnVector<Weight> &>(column_weight).getData()[row_num]);
}
void merge(AggregateDataPtr place, ConstAggregateDataPtr rhs, Arena * arena) const override
{
this->data(place).digest.merge(params, this->data(rhs).digest);
}
void serialize(ConstAggregateDataPtr place, WriteBuffer & buf) const override
{
this->data(const_cast<AggregateDataPtr>(place)).digest.write(params, buf);
}
2016-09-22 23:26:08 +00:00
void deserialize(AggregateDataPtr place, ReadBuffer & buf, Arena *) const override
{
2016-03-12 04:01:03 +00:00
this->data(place).digest.read(params, buf);
}
void insertResultInto(ConstAggregateDataPtr place, IColumn & to) const override
{
ColumnArray & arr_to = static_cast<ColumnArray &>(to);
ColumnArray::Offsets_t & offsets_to = arr_to.getOffsets();
size_t size = levels.size();
offsets_to.push_back((offsets_to.size() == 0 ? 0 : offsets_to.back()) + size);
if (!size)
return;
if (returns_float)
{
typename ColumnFloat32::Container_t & data_to = static_cast<ColumnFloat32 &>(arr_to.getData()).getData();
size_t old_size = data_to.size();
data_to.resize(data_to.size() + size);
this->data(const_cast<AggregateDataPtr>(place)).digest.getManyQuantiles(
params, &levels.levels[0], &levels.permutation[0], size, &data_to[old_size]);
}
else
{
typename ColumnVector<T>::Container_t & data_to = static_cast<ColumnVector<T> &>(arr_to.getData()).getData();
size_t old_size = data_to.size();
data_to.resize(data_to.size() + size);
this->data(const_cast<AggregateDataPtr>(place)).digest.getManyQuantiles(
params, &levels.levels[0], &levels.permutation[0], size, &data_to[old_size]);
}
}
};
}