#include #include #include #include #include #include #include #include namespace DB { namespace { using OffsetColumns = std::map; constexpr auto DATA_FILE_EXTENSION = ".bin"; constexpr auto NULL_MAP_EXTENSION = ".null"; bool isNullStream(const std::string & extension) { return extension == NULL_MAP_EXTENSION; } } namespace ErrorCodes { extern const int NOT_FOUND_EXPECTED_DATA_PART; extern const int MEMORY_LIMIT_EXCEEDED; } MergeTreeReader::MergeTreeReader(const String & path, /// Путь к куску const MergeTreeData::DataPartPtr & data_part, const NamesAndTypesList & columns, UncompressedCache * uncompressed_cache, MarkCache * mark_cache, bool save_marks_in_cache, MergeTreeData & storage, const MarkRanges & all_mark_ranges, size_t aio_threshold, size_t max_read_buffer_size, const ValueSizeMap & avg_value_size_hints, const ReadBufferFromFileBase::ProfileCallback & profile_callback, clockid_t clock_type) : avg_value_size_hints(avg_value_size_hints), path(path), data_part(data_part), columns(columns), uncompressed_cache(uncompressed_cache), mark_cache(mark_cache), save_marks_in_cache(save_marks_in_cache), storage(storage), all_mark_ranges(all_mark_ranges), aio_threshold(aio_threshold), max_read_buffer_size(max_read_buffer_size) { try { if (!Poco::File(path).exists()) throw Exception("Part " + path + " is missing", ErrorCodes::NOT_FOUND_EXPECTED_DATA_PART); for (const NameAndTypePair & column : columns) addStream(column.name, *column.type, all_mark_ranges, profile_callback, clock_type); } catch (...) { storage.reportBrokenPart(data_part->name); throw; } } const MergeTreeReader::ValueSizeMap & MergeTreeReader::getAvgValueSizeHints() const { return avg_value_size_hints; } void MergeTreeReader::readRange(size_t from_mark, size_t to_mark, Block & res) { try { size_t max_rows_to_read = (to_mark - from_mark) * storage.index_granularity; /// Указатели на столбцы смещений, общие для столбцов из вложенных структур данных /// Если append, все значения nullptr, и offset_columns используется только для проверки, что столбец смещений уже прочитан. OffsetColumns offset_columns; for (const NameAndTypePair & it : columns) { if (streams.end() == streams.find(it.name)) continue; /// Все столбцы уже есть в блоке. Будем добавлять значения в конец. bool append = res.has(it.name); ColumnWithTypeAndName column; column.name = it.name; column.type = it.type; if (append) column.column = res.getByName(column.name).column; bool read_offsets = true; const IDataType * observed_type; if (column.type.get()->isNullable()) { const DataTypeNullable & nullable_type = static_cast(*column.type); observed_type = nullable_type.getNestedType().get(); } else observed_type = column.type.get(); /// Для вложенных структур запоминаем указатели на столбцы со смещениями if (const DataTypeArray * type_arr = typeid_cast(observed_type)) { String name = DataTypeNested::extractNestedTableName(column.name); if (offset_columns.count(name) == 0) offset_columns[name] = append ? nullptr : std::make_shared(); else read_offsets = false; /// на предыдущих итерациях смещения уже считали вызовом readData if (!append) column.column = std::make_shared(type_arr->getNestedType()->createColumn(), offset_columns[name]); } else if (!append) column.column = column.type->createColumn(); try { readData(column.name, *column.type, *column.column, from_mark, max_rows_to_read, 0, read_offsets); } catch (Exception & e) { /// Более хорошая диагностика. e.addMessage("(while reading column " + column.name + ")"); throw; } if (!append && column.column->size()) res.insert(std::move(column)); } } catch (Exception & e) { if (e.code() != ErrorCodes::MEMORY_LIMIT_EXCEEDED) storage.reportBrokenPart(data_part->name); /// Более хорошая диагностика. e.addMessage("(while reading from part " + path + " from mark " + toString(from_mark) + " to " + toString(to_mark) + ")"); throw; } catch (...) { storage.reportBrokenPart(data_part->name); throw; } } void MergeTreeReader::fillMissingColumns(Block & res, const Names & ordered_names, const bool always_reorder) { fillMissingColumnsImpl(res, ordered_names, always_reorder); } void MergeTreeReader::fillMissingColumnsAndReorder(Block & res, const Names & ordered_names) { fillMissingColumnsImpl(res, ordered_names, true); } void MergeTreeReader::addStream(const String & name, const IDataType & type, const MarkRanges & all_mark_ranges, const ReadBufferFromFileBase::ProfileCallback & profile_callback, clockid_t clock_type, size_t level) { String escaped_column_name = escapeForFileName(name); /** Если файла с данными нет - то не будем пытаться открыть его. * Это нужно, чтобы можно было добавлять новые столбцы к структуре таблицы без создания файлов для старых кусков. */ if (!Poco::File(path + escaped_column_name + DATA_FILE_EXTENSION).exists()) return; if (type.isNullable()) { /// First create the stream that handles the null map of the given column. const DataTypeNullable & nullable_type = static_cast(type); const IDataType & nested_type = *nullable_type.getNestedType(); std::string filename = name + NULL_MAP_EXTENSION; streams.emplace(filename, std::make_unique( path + escaped_column_name, NULL_MAP_EXTENSION, uncompressed_cache, mark_cache, save_marks_in_cache, all_mark_ranges, aio_threshold, max_read_buffer_size, profile_callback, clock_type)); /// Then create the stream that handles the data of the given column. addStream(name, nested_type, all_mark_ranges, profile_callback, clock_type, level); } else if (const DataTypeArray * type_arr = typeid_cast(&type)) { /// Для массивов используются отдельные потоки для размеров. String size_name = DataTypeNested::extractNestedTableName(name) + ARRAY_SIZES_COLUMN_NAME_SUFFIX + toString(level); String escaped_size_name = escapeForFileName(DataTypeNested::extractNestedTableName(name)) + ARRAY_SIZES_COLUMN_NAME_SUFFIX + toString(level); if (!streams.count(size_name)) streams.emplace(size_name, std::make_unique( path + escaped_size_name, DATA_FILE_EXTENSION, uncompressed_cache, mark_cache, save_marks_in_cache, all_mark_ranges, aio_threshold, max_read_buffer_size, profile_callback, clock_type)); addStream(name, *type_arr->getNestedType(), all_mark_ranges, profile_callback, clock_type, level + 1); } else streams.emplace(name, std::make_unique( path + escaped_column_name, DATA_FILE_EXTENSION, uncompressed_cache, mark_cache, save_marks_in_cache, all_mark_ranges, aio_threshold, max_read_buffer_size, profile_callback, clock_type)); } void MergeTreeReader::readData(const String & name, const IDataType & type, IColumn & column, size_t from_mark, size_t max_rows_to_read, size_t level, bool read_offsets) { if (type.isNullable()) { /// First read from the null map. const DataTypeNullable & nullable_type = static_cast(type); const IDataType & nested_type = *nullable_type.getNestedType(); ColumnNullable & nullable_col = static_cast(column); IColumn & nested_col = *nullable_col.getNestedColumn(); std::string filename = name + NULL_MAP_EXTENSION; Stream & stream = *(streams.at(filename)); stream.seekToMark(from_mark); IColumn & col8 = *(nullable_col.getNullValuesByteMap()); DataTypeUInt8{}.deserializeBinary(col8, *stream.data_buffer, max_rows_to_read, 0); /// Then read data. readData(name, nested_type, nested_col, from_mark, max_rows_to_read, level, read_offsets); } else if (const DataTypeArray * type_arr = typeid_cast(&type)) { /// Для массивов требуется сначала десериализовать размеры, а потом значения. if (read_offsets) { Stream & stream = *streams[DataTypeNested::extractNestedTableName(name) + ARRAY_SIZES_COLUMN_NAME_SUFFIX + toString(level)]; stream.seekToMark(from_mark); type_arr->deserializeOffsets( column, *stream.data_buffer, max_rows_to_read); } if (column.size()) { ColumnArray & array = typeid_cast(column); const size_t required_internal_size = array.getOffsets()[column.size() - 1]; if (required_internal_size) { readData( name, *type_arr->getNestedType(), array.getData(), from_mark, required_internal_size - array.getData().size(), level + 1); /** Исправление для ошибочно записанных пустых файлов с данными массива. * Такое бывает после ALTER с добавлением новых столбцов во вложенную структуру данных. */ size_t read_internal_size = array.getData().size(); if (required_internal_size != read_internal_size) { if (read_internal_size != 0) LOG_ERROR((&Logger::get("MergeTreeReader")), "Internal size of array " + name + " doesn't match offsets: corrupted data, filling with default values."); array.getDataPtr() = dynamic_cast( *type_arr->getNestedType()->createConstColumn( required_internal_size, type_arr->getNestedType()->getDefault())).convertToFullColumn(); /** NOTE Можно было бы занулять этот столбец, чтобы он не добавлялся в блок, * а впоследствии создавался с более правильными (из определения таблицы) значениями по-умолчанию. */ } } } } else { Stream & stream = *streams[name]; double & avg_value_size_hint = avg_value_size_hints[name]; stream.seekToMark(from_mark); type.deserializeBinary(column, *stream.data_buffer, max_rows_to_read, avg_value_size_hint); /// Вычисление подсказки о среднем размере значения. size_t column_size = column.size(); if (column_size) { double current_avg_value_size = static_cast(column.byteSize()) / column_size; /// Эвристика, чтобы при изменениях, значение avg_value_size_hint быстро росло, но медленно уменьшалось. if (current_avg_value_size > avg_value_size_hint) avg_value_size_hint = current_avg_value_size; else if (current_avg_value_size * 2 < avg_value_size_hint) avg_value_size_hint = (current_avg_value_size + avg_value_size_hint * 3) / 4; } } } void MergeTreeReader::fillMissingColumnsImpl(Block & res, const Names & ordered_names, bool always_reorder) { if (!res) throw Exception("Empty block passed to fillMissingColumnsImpl", ErrorCodes::LOGICAL_ERROR); try { /** Для недостающих столбцов из вложенной структуры нужно создавать не столбец пустых массивов, а столбец массивов * правильных длин. * TODO: Если для какой-то вложенной структуры были запрошены только отсутствующие столбцы, для них вернутся пустые * массивы, даже если в куске есть смещения для этой вложенной структуры. Это можно исправить. * NOTE: Похожий код есть в Block::addDefaults, но он немного отличается. */ /// Сначала запомним столбцы смещений для всех массивов в блоке. OffsetColumns offset_columns; for (size_t i = 0; i < res.columns(); ++i) { const ColumnWithTypeAndName & column = res.getByPosition(i); IColumn * observed_column; std::string column_name; if (column.column->isNullable()) { ColumnNullable & nullable_col = static_cast(*(column.column)); observed_column = nullable_col.getNestedColumn().get(); column_name = observed_column->getName(); } else { observed_column = column.column.get(); column_name = column.name; } if (const ColumnArray * array = typeid_cast(observed_column)) { String offsets_name = DataTypeNested::extractNestedTableName(column_name); auto & offsets_column = offset_columns[offsets_name]; /// Если почему-то есть разные столбцы смещений для одной вложенной структуры, то берём непустой. if (!offsets_column || offsets_column->empty()) offsets_column = array->getOffsetsColumn(); } } auto should_evaluate_defaults = false; auto should_sort = always_reorder; for (const auto & requested_column : columns) { /// insert default values only for columns without default expressions if (!res.has(requested_column.name)) { should_sort = true; if (storage.column_defaults.count(requested_column.name) != 0) { should_evaluate_defaults = true; continue; } ColumnWithTypeAndName column_to_add; column_to_add.name = requested_column.name; column_to_add.type = requested_column.type; String offsets_name = DataTypeNested::extractNestedTableName(column_to_add.name); if (offset_columns.count(offsets_name)) { ColumnPtr offsets_column = offset_columns[offsets_name]; DataTypePtr nested_type = typeid_cast(*column_to_add.type).getNestedType(); size_t nested_rows = offsets_column->empty() ? 0 : typeid_cast(*offsets_column).getData().back(); ColumnPtr nested_column = dynamic_cast(*nested_type->createConstColumn( nested_rows, nested_type->getDefault())).convertToFullColumn(); column_to_add.column = std::make_shared(nested_column, offsets_column); } else { /** Нужно превратить константный столбец в полноценный, так как в части блоков (из других кусков), * он может быть полноценным (а то интерпретатор может посчитать, что он константный везде). */ column_to_add.column = dynamic_cast(*column_to_add.type->createConstColumn( res.rows(), column_to_add.type->getDefault())).convertToFullColumn(); } res.insert(std::move(column_to_add)); } } /// evaluate defaulted columns if necessary if (should_evaluate_defaults) evaluateMissingDefaults(res, columns, storage.column_defaults, storage.context); /// sort columns to ensure consistent order among all blocks if (should_sort) { Block ordered_block; for (const auto & name : ordered_names) if (res.has(name)) ordered_block.insert(res.getByName(name)); std::swap(res, ordered_block); } } catch (Exception & e) { /// Более хорошая диагностика. e.addMessage("(while reading from part " + path + ")"); } } /// Stream implementation. MergeTreeReader::Stream::Stream( const String & path_prefix_, const String & extension_, UncompressedCache * uncompressed_cache, MarkCache * mark_cache, bool save_marks_in_cache, const MarkRanges & all_mark_ranges, size_t aio_threshold, size_t max_read_buffer_size, const ReadBufferFromFileBase::ProfileCallback & profile_callback, clockid_t clock_type) : path_prefix{path_prefix_}, extension{extension_} { loadMarks(mark_cache, save_marks_in_cache, isNullStream(extension)); /// Compute the size of the buffer. size_t max_mark_range = 0; for (size_t i = 0; i < all_mark_ranges.size(); ++i) { size_t right = all_mark_ranges[i].end; /// Если правая граница лежит внутри блока, то его тоже придется читать. if (right < (*marks).size() && (*marks)[right].offset_in_decompressed_block > 0) { while (right < (*marks).size() && (*marks)[right].offset_in_compressed_file == (*marks)[all_mark_ranges[i].end].offset_in_compressed_file) ++right; } /// Если правее засечек нет, просто используем max_read_buffer_size if (right >= (*marks).size() || (right + 1 == (*marks).size() && (*marks)[right].offset_in_compressed_file == (*marks)[all_mark_ranges[i].end].offset_in_compressed_file)) { max_mark_range = max_read_buffer_size; break; } max_mark_range = std::max(max_mark_range, (*marks)[right].offset_in_compressed_file - (*marks)[all_mark_ranges[i].begin].offset_in_compressed_file); } size_t buffer_size = std::min(max_read_buffer_size, max_mark_range); /// Compute the estimated size of the data to be read. size_t estimated_size = 0; if (aio_threshold > 0) { for (const auto & mark_range : all_mark_ranges) { size_t offset_begin = (*marks)[mark_range.begin].offset_in_compressed_file; size_t offset_end; if (mark_range.end < (*marks).size()) offset_end = (*marks)[mark_range.end].offset_in_compressed_file; else offset_end = Poco::File(path_prefix + extension).getSize(); if (offset_end > 0) estimated_size += offset_end - offset_begin; } } /// Initialize the objects that shall be used to perform read operations. if (uncompressed_cache) { cached_buffer = std::make_unique( path_prefix + extension, uncompressed_cache, estimated_size, aio_threshold, buffer_size); if (profile_callback) cached_buffer->setProfileCallback(profile_callback, clock_type); data_buffer = cached_buffer.get(); } else { non_cached_buffer = std::make_unique( path_prefix + extension, estimated_size, aio_threshold, buffer_size); if (profile_callback) non_cached_buffer->setProfileCallback(profile_callback, clock_type); data_buffer = non_cached_buffer.get(); } } void MergeTreeReader::Stream::loadMarks(MarkCache * cache, bool save_in_cache, bool is_null_stream) { std::string path; if (is_null_stream) path = path_prefix + ".null_mrk"; else path = path_prefix + ".mrk"; UInt128 key; if (cache) { key = cache->hash(path); marks = cache->get(key); if (marks) return; } marks.reset(new MarksInCompressedFile); ReadBufferFromFile buffer(path); while (!buffer.eof()) { MarkInCompressedFile mark; readIntBinary(mark.offset_in_compressed_file, buffer); readIntBinary(mark.offset_in_decompressed_block, buffer); marks->push_back(mark); } if (cache && save_in_cache) cache->set(key, marks); } void MergeTreeReader::Stream::seekToMark(size_t index) { MarkInCompressedFile mark = (*marks)[index]; try { if (cached_buffer) cached_buffer->seek(mark.offset_in_compressed_file, mark.offset_in_decompressed_block); if (non_cached_buffer) non_cached_buffer->seek(mark.offset_in_compressed_file, mark.offset_in_decompressed_block); } catch (Exception & e) { /// Более хорошая диагностика. if (e.code() == ErrorCodes::ARGUMENT_OUT_OF_BOUND) e.addMessage("(while seeking to mark " + toString(index) + " of column " + path_prefix + "; offsets are: " + toString(mark.offset_in_compressed_file) + " " + toString(mark.offset_in_decompressed_block) + ")"); throw; } } }