ClickHouse/dbms/include/DB/Storages/MergeTree/MergeTreeReader.h
Alexey Arno b5c1932b8c Merge
2015-04-10 20:51:39 +03:00

565 lines
21 KiB
C++
Raw Blame History

This file contains ambiguous Unicode characters

This file contains Unicode characters that might be confused with other characters. If you think that this is intentional, you can safely ignore this warning. Use the Escape button to reveal them.

#pragma once
#include <DB/Storages/MergeTree/MergeTreeData.h>
#include <DB/DataTypes/IDataType.h>
#include <DB/DataTypes/DataTypeNested.h>
#include <DB/DataTypes/DataTypeArray.h>
#include <DB/Core/NamesAndTypes.h>
#include <DB/Common/escapeForFileName.h>
#include <DB/IO/CachedCompressedReadBuffer.h>
#include <DB/IO/CompressedReadBufferFromFile.h>
#include <DB/Columns/ColumnArray.h>
#include <DB/Columns/ColumnNested.h>
#include <DB/Interpreters/evaluateMissingDefaults.h>
namespace DB
{
/** Пара засечек, определяющая диапазон строк в куске. Именно, диапазон имеет вид [begin * index_granularity, end * index_granularity).
*/
struct MarkRange
{
size_t begin;
size_t end;
MarkRange() {}
MarkRange(size_t begin_, size_t end_) : begin(begin_), end(end_) {}
};
typedef std::vector<MarkRange> MarkRanges;
/** Умеет читать данные между парой засечек из одного куска. При чтении последовательных отрезков не делает лишних seek-ов.
* При чтении почти последовательных отрезков делает seek-и быстро, не выбрасывая содержимое буфера.
*/
class MergeTreeReader
{
typedef std::map<std::string, ColumnPtr> OffsetColumns;
public:
MergeTreeReader(const String & path_, /// Путь к куску
const MergeTreeData::DataPartPtr & data_part, const NamesAndTypesList & columns_,
bool use_uncompressed_cache_, MergeTreeData & storage_, const MarkRanges & all_mark_ranges,
size_t aio_threshold_)
: path(path_), data_part(data_part), part_name(data_part->name), columns(columns_),
use_uncompressed_cache(use_uncompressed_cache_), storage(storage_), all_mark_ranges(all_mark_ranges),
aio_threshold(aio_threshold_)
{
try
{
if (!Poco::File(path).exists())
throw Exception("Part " + path + " is missing", ErrorCodes::NOT_FOUND_EXPECTED_DATA_PART);
for (const NameAndTypePair & column : columns)
addStream(column.name, *column.type, all_mark_ranges);
}
catch (...)
{
storage.reportBrokenPart(part_name);
throw;
}
}
/** Если столбцов нет в блоке, добавляет их, если есть - добавляет прочитанные значения к ним в конец.
* Не добавляет столбцы, для которых нет файлов. Чтобы их добавить, нужно вызвать fillMissingColumns.
* В блоке должно быть либо ни одного столбца из columns, либо все, для которых есть файлы.
*/
void readRange(size_t from_mark, size_t to_mark, Block & res)
{
try
{
size_t max_rows_to_read = (to_mark - from_mark) * storage.index_granularity;
/** Для некоторых столбцов файлы с данными могут отсутствовать.
* Это бывает для старых кусков, после добавления новых столбцов в структуру таблицы.
*/
auto has_missing_columns = false;
/// Указатели на столбцы смещений, общие для столбцов из вложенных структур данных
/// Если append, все значения nullptr, и offset_columns используется только для проверки, что столбец смещений уже прочитан.
OffsetColumns offset_columns;
const auto read_column = [&] (const NameAndTypePair & it) {
if (streams.end() == streams.find(it.name))
{
has_missing_columns = true;
return;
}
/// Все столбцы уже есть в блоке. Будем добавлять значения в конец.
bool append = res.has(it.name);
ColumnWithNameAndType column;
column.name = it.name;
column.type = it.type;
if (append)
column.column = res.getByName(column.name).column;
bool read_offsets = true;
/// Для вложенных структур запоминаем указатели на столбцы со смещениями
if (const DataTypeArray * type_arr = typeid_cast<const DataTypeArray *>(&*column.type))
{
String name = DataTypeNested::extractNestedTableName(column.name);
if (offset_columns.count(name) == 0)
offset_columns[name] = append ? nullptr : new ColumnArray::ColumnOffsets_t;
else
read_offsets = false; /// на предыдущих итерациях смещения уже считали вызовом readData
if (!append)
column.column = new ColumnArray(type_arr->getNestedType()->createColumn(), offset_columns[name]);
}
else if (!append)
column.column = column.type->createColumn();
readData(column.name, *column.type, *column.column, from_mark, max_rows_to_read, 0, read_offsets);
if (!append && column.column->size())
res.insert(column);
};
for (const NameAndTypePair & it : columns)
read_column(it);
if (has_missing_columns && !res)
{
addMinimumSizeColumn();
/// minimum size column is necessarily at list's front
read_column(columns.front());
}
}
catch (const Exception & e)
{
if (e.code() != ErrorCodes::MEMORY_LIMIT_EXCEEDED)
{
storage.reportBrokenPart(part_name);
}
/// Более хорошая диагностика.
throw Exception(e.message() + "\n(while reading from part " + path + " from mark " + toString(from_mark) + " to "
+ toString(to_mark) + ")", e.code());
}
catch (...)
{
storage.reportBrokenPart(part_name);
throw;
}
}
/** Добавить столбец минимального размера.
* Используется в случае, когда ни один столбец не нужен, но нужно хотя бы знать количество строк.
* Добавляет в columns.
*/
void addMinimumSizeColumn()
{
const auto get_column_size = [this] (const String & name) {
const auto & files = data_part->checksums.files;
const auto escaped_name = escapeForFileName(name);
const auto bin_file_name = escaped_name + ".bin";
const auto mrk_file_name = escaped_name + ".mrk";
return files.find(bin_file_name)->second.file_size + files.find(mrk_file_name)->second.file_size;
};
const auto & storage_columns = storage.getColumnsList();
const NameAndTypePair * minimum_size_column = nullptr;
auto minimum_size = std::numeric_limits<size_t>::max();
for (const auto & column : storage_columns)
{
if (!data_part->hasColumnFiles(column.name))
continue;
const auto size = get_column_size(column.name);
if (size < minimum_size)
{
minimum_size = size;
minimum_size_column = &column;
}
}
if (!minimum_size_column)
throw Exception{
"could not find a column of minimum size in MergeTree",
ErrorCodes::LOGICAL_ERROR
};
addStream(minimum_size_column->name, *minimum_size_column->type, all_mark_ranges);
columns.emplace(std::begin(columns), *minimum_size_column);
added_minimum_size_column = &columns.front();
}
/** Добавляет в блок недостающие столбцы из ordered_names, состоящие из значений по-умолчанию.
* Недостающие столбцы добавляются в позиции, такие же как в ordered_names.
* Если был добавлен хотя бы один столбец - то все столбцы в блоке переупорядочиваются как в ordered_names.
*/
void fillMissingColumns(Block & res, const Names & ordered_names)
{
fillMissingColumnsImpl(res, ordered_names, false);
}
/** То же самое, но всегда переупорядочивает столбцы в блоке, как в ordered_names
* (даже если не было недостающих столбцов).
*/
void fillMissingColumnsAndReorder(Block & res, const Names & ordered_names)
{
fillMissingColumnsImpl(res, ordered_names, true);
}
private:
struct Stream
{
MarkCache::MappedPtr marks;
ReadBuffer * data_buffer;
Poco::SharedPtr<CachedCompressedReadBuffer> cached_buffer;
Poco::SharedPtr<CompressedReadBufferFromFile> non_cached_buffer;
std::string path_prefix;
size_t max_mark_range;
size_t aio_threshold;
/// Используется в качестве подсказки, чтобы уменьшить количество реаллокаций при создании столбца переменной длины.
double avg_value_size_hint = 0;
Stream(const String & path_prefix_, UncompressedCache * uncompressed_cache, MarkCache * mark_cache, const MarkRanges & all_mark_ranges,
size_t aio_threshold_)
: path_prefix(path_prefix_), aio_threshold(aio_threshold_)
{
loadMarks(mark_cache);
size_t max_mark_range = 0;
for (size_t i = 0; i < all_mark_ranges.size(); ++i)
{
size_t right = all_mark_ranges[i].end;
/// Если правая граница лежит внутри блока, то его тоже придется читать.
if (right < (*marks).size() && (*marks)[right].offset_in_decompressed_block > 0)
{
while (right < (*marks).size() && (*marks)[right].offset_in_compressed_file ==
(*marks)[all_mark_ranges[i].end].offset_in_compressed_file)
++right;
}
/// Если правее засечек нет, просто используем DEFAULT_BUFFER_SIZE
if (right >= (*marks).size() || (right + 1 == (*marks).size() &&
(*marks)[right].offset_in_compressed_file == (*marks)[all_mark_ranges[i].end].offset_in_compressed_file))
{
max_mark_range = DBMS_DEFAULT_BUFFER_SIZE;
break;
}
max_mark_range = std::max(max_mark_range,
(*marks)[right].offset_in_compressed_file - (*marks)[all_mark_ranges[i].begin].offset_in_compressed_file);
}
size_t buffer_size = DBMS_DEFAULT_BUFFER_SIZE < max_mark_range ? DBMS_DEFAULT_BUFFER_SIZE : max_mark_range;
if (uncompressed_cache)
{
cached_buffer = new CachedCompressedReadBuffer(path_prefix + ".bin", uncompressed_cache, aio_threshold, buffer_size);
data_buffer = &*cached_buffer;
}
else
{
non_cached_buffer = new CompressedReadBufferFromFile(path_prefix + ".bin", aio_threshold, buffer_size);
data_buffer = &*non_cached_buffer;
}
}
void loadMarks(MarkCache * cache)
{
std::string path = path_prefix + ".mrk";
UInt128 key;
if (cache)
{
key = cache->hash(path);
marks = cache->get(key);
if (marks)
return;
}
marks.reset(new MarksInCompressedFile);
ReadBufferFromFile buffer(path);
while (!buffer.eof())
{
MarkInCompressedFile mark;
readIntBinary(mark.offset_in_compressed_file, buffer);
readIntBinary(mark.offset_in_decompressed_block, buffer);
marks->push_back(mark);
}
if (cache)
cache->set(key, marks);
}
void seekToMark(size_t index)
{
MarkInCompressedFile mark = (*marks)[index];
try
{
if (cached_buffer)
{
cached_buffer->seek(mark.offset_in_compressed_file, mark.offset_in_decompressed_block);
}
if (non_cached_buffer)
non_cached_buffer->seek(mark.offset_in_compressed_file, mark.offset_in_decompressed_block);
}
catch (const Exception & e)
{
/// Более хорошая диагностика.
if (e.code() == ErrorCodes::ARGUMENT_OUT_OF_BOUND)
throw Exception(e.message() + " (while seeking to mark " + Poco::NumberFormatter::format(index)
+ " of column " + path_prefix + "; offsets are: "
+ toString(mark.offset_in_compressed_file) + " "
+ toString(mark.offset_in_decompressed_block) + ")", e.code());
else
throw;
}
}
};
typedef std::map<std::string, std::unique_ptr<Stream> > FileStreams;
String path;
const MergeTreeData::DataPartPtr & data_part;
String part_name;
FileStreams streams;
/// Запрашиваемые столбцы. Возможно, с добавлением minimum_size_column.
NamesAndTypesList columns;
const NameAndTypePair * added_minimum_size_column = nullptr;
bool use_uncompressed_cache;
MergeTreeData & storage;
const MarkRanges & all_mark_ranges;
size_t aio_threshold;
void addStream(const String & name, const IDataType & type, const MarkRanges & all_mark_ranges, size_t level = 0)
{
String escaped_column_name = escapeForFileName(name);
/** Если файла с данными нет - то не будем пытаться открыть его.
* Это нужно, чтобы можно было добавлять новые столбцы к структуре таблицы без создания файлов для старых кусков.
*/
if (!Poco::File(path + escaped_column_name + ".bin").exists())
return;
UncompressedCache * uncompressed_cache = use_uncompressed_cache ? storage.context.getUncompressedCache() : NULL;
MarkCache * mark_cache = storage.context.getMarkCache();
/// Для массивов используются отдельные потоки для размеров.
if (const DataTypeArray * type_arr = typeid_cast<const DataTypeArray *>(&type))
{
String size_name = DataTypeNested::extractNestedTableName(name)
+ ARRAY_SIZES_COLUMN_NAME_SUFFIX + toString(level);
String escaped_size_name = escapeForFileName(DataTypeNested::extractNestedTableName(name))
+ ARRAY_SIZES_COLUMN_NAME_SUFFIX + toString(level);
if (!streams.count(size_name))
streams.emplace(size_name, std::unique_ptr<Stream>(new Stream(
path + escaped_size_name, uncompressed_cache, mark_cache, all_mark_ranges, aio_threshold)));
addStream(name, *type_arr->getNestedType(), all_mark_ranges, level + 1);
}
else
streams[name].reset(new Stream(path + escaped_column_name, uncompressed_cache, mark_cache, all_mark_ranges, aio_threshold));
}
void readData(const String & name, const IDataType & type, IColumn & column, size_t from_mark, size_t max_rows_to_read,
size_t level = 0, bool read_offsets = true)
{
/// Для массивов требуется сначала десериализовать размеры, а потом значения.
if (const DataTypeArray * type_arr = typeid_cast<const DataTypeArray *>(&type))
{
if (read_offsets)
{
Stream & stream = *streams[DataTypeNested::extractNestedTableName(name) + ARRAY_SIZES_COLUMN_NAME_SUFFIX + toString(level)];
stream.seekToMark(from_mark);
type_arr->deserializeOffsets(
column,
*stream.data_buffer,
max_rows_to_read);
}
if (column.size())
{
ColumnArray & array = typeid_cast<ColumnArray &>(column);
const size_t required_internal_size = array.getOffsets()[column.size() - 1];
if (required_internal_size)
{
readData(
name,
*type_arr->getNestedType(),
array.getData(),
from_mark,
required_internal_size - array.getData().size(),
level + 1);
/** Исправление для ошибочно записанных пустых файлов с данными массива.
* Такое бывает после ALTER с добавлением новых столбцов во вложенную структуру данных.
*/
size_t read_internal_size = array.getData().size();
if (required_internal_size != read_internal_size)
{
if (read_internal_size != 0)
LOG_ERROR((&Logger::get("MergeTreeReader")),
"Internal size of array " + name + " doesn't match offsets: corrupted data, filling with default values.");
array.getDataPtr() = dynamic_cast<IColumnConst &>(
*type_arr->getNestedType()->createConstColumn(
required_internal_size,
type_arr->getNestedType()->getDefault())).convertToFullColumn();
/** NOTE Можно было бы занулять этот столбец, чтобы он не добавлялся в блок,
* а впоследствии создавался с более правильными (из определения таблицы) значениями по-умолчанию.
*/
}
}
}
}
else
{
Stream & stream = *streams[name];
stream.seekToMark(from_mark);
type.deserializeBinary(column, *stream.data_buffer, max_rows_to_read, stream.avg_value_size_hint);
/// Вычисление подсказки о среднем размере значения.
size_t column_size = column.size();
if (column_size)
{
double current_avg_value_size = static_cast<double>(column.byteSize()) / column_size;
/// Эвристика, чтобы при изменениях, значение avg_value_size_hint быстро росло, но медленно уменьшалось.
if (current_avg_value_size > stream.avg_value_size_hint)
stream.avg_value_size_hint = current_avg_value_size;
else if (current_avg_value_size * 2 < stream.avg_value_size_hint)
stream.avg_value_size_hint = (current_avg_value_size + stream.avg_value_size_hint * 3) / 4;
}
}
}
void fillMissingColumnsImpl(Block & res, const Names & ordered_names, bool always_reorder)
{
try
{
/** Для недостающих столбцов из вложенной структуры нужно создавать не столбец пустых массивов, а столбец массивов
* правильных длин.
* TODO: Если для какой-то вложенной структуры были запрошены только отсутствующие столбцы, для них вернутся пустые
* массивы, даже если в куске есть смещения для этой вложенной структуры. Это можно исправить.
* NOTE: Похожий код есть в Block::addDefaults, но он немного отличается.
*/
/// Сначала запомним столбцы смещений для всех массивов в блоке.
OffsetColumns offset_columns;
for (size_t i = 0; i < res.columns(); ++i)
{
const ColumnWithNameAndType & column = res.getByPosition(i);
if (const ColumnArray * array = typeid_cast<const ColumnArray *>(&*column.column))
{
String offsets_name = DataTypeNested::extractNestedTableName(column.name);
auto & offsets_column = offset_columns[offsets_name];
/// Если почему-то есть разные столбцы смещений для одной вложенной структуры, то берём непустой.
if (!offsets_column || offsets_column->empty())
offsets_column = array->getOffsetsColumn();
}
}
auto should_evaluate_defaults = false;
auto should_sort = always_reorder;
for (const auto & requested_column : columns)
{
/// insert default values only for columns without default expressions
if (!res.has(requested_column.name))
{
should_sort = true;
if (storage.column_defaults.count(requested_column.name) != 0)
{
should_evaluate_defaults = true;
continue;
}
ColumnWithNameAndType column_to_add;
column_to_add.name = requested_column.name;
column_to_add.type = requested_column.type;
String offsets_name = DataTypeNested::extractNestedTableName(column_to_add.name);
if (offset_columns.count(offsets_name))
{
ColumnPtr offsets_column = offset_columns[offsets_name];
DataTypePtr nested_type = typeid_cast<DataTypeArray &>(*column_to_add.type).getNestedType();
size_t nested_rows = offsets_column->empty() ? 0
: typeid_cast<ColumnUInt64 &>(*offsets_column).getData().back();
ColumnPtr nested_column = dynamic_cast<IColumnConst &>(*nested_type->createConstColumn(
nested_rows, nested_type->getDefault())).convertToFullColumn();
column_to_add.column = new ColumnArray(nested_column, offsets_column);
}
else
{
/** Нужно превратить константный столбец в полноценный, так как в части блоков (из других кусков),
* он может быть полноценным (а то интерпретатор может посчитать, что он константный везде).
*/
column_to_add.column = dynamic_cast<IColumnConst &>(*column_to_add.type->createConstColumn(
res.rows(), column_to_add.type->getDefault())).convertToFullColumn();
}
res.insert(column_to_add);
}
}
/// evaluate defaulted columns if necessary
if (should_evaluate_defaults)
evaluateMissingDefaults(res, columns, storage.column_defaults, storage.context);
/// remove added column to ensure same content among all blocks
if (added_minimum_size_column)
{
res.erase(0);
streams.erase(added_minimum_size_column->name);
columns.erase(std::begin(columns));
added_minimum_size_column = nullptr;
}
/// sort columns to ensure consistent order among all blocks
if (should_sort)
{
Block ordered_block;
for (const auto & name : ordered_names)
if (res.has(name))
ordered_block.insert(res.getByName(name));
if (res.columns() != ordered_block.columns())
throw Exception{
"Ordered block has different number of columns than original one:\n" +
ordered_block.dumpNames() + "\nvs.\n" + res.dumpNames(),
ErrorCodes::LOGICAL_ERROR};
std::swap(res, ordered_block);
}
}
catch (const Exception & e)
{
/// Более хорошая диагностика.
throw Exception(e.message() + '\n' + e.getStackTrace().toString()
+ "\n(while reading from part " + path + ")", e.code());
}
}
};
}